La iglesia de El Salvador de Cuenca se levantó en la Baja Edad Media. A lo largo del siglo XVI se hicieron diversas obras en la fábrica gótica, siendo las más importantes las que se llevaron a cabo en la capilla mayor y en la sacristía, en las cuales trabajaron activamente los maestros de cantería Pedro de la Vaca, Pedro de la Viña, Martín de Mendizábal el Viejo y Toribio de la Haza. Hay que destacar la labor del maestro de cantería Diego Gil, el cual cubrió la iglesia con una nueva armadura de madera, así como la sacristía y dos capillas. También durante este siglo se ampliaron las capillas.

Sin embargo, la obra de mayor envergadura y que iba a afectar más a la estructura del edificio se realizó en el siglo XVII (1656). Es entonces cuando se cerró la cubierta que fue diseñada por Juan del Pontón. 

A principios del siglo XVIII, la capilla del Santo Sepulcro fue también remodelada. Está cubierta con cúpula, terminada en una linterna, y en su ornamentación se combinan los motivos geométricos, muy planos, con temas vegetales, más carnosos y de mayor relieve. Luego, reformas en los comienzos del siglo XX y a lo largo de la segunda mitad, le permiten a esta bella iglesia servir de bellísimo encuadre de una Semana Santa donde Cuenca se vuelca en cuerpo y alma a cada paso, cofradía, procesión o Miserere.

La bella puerta ideada por el artista Miguel Zapata, en madera y relieve de bronce, abre esta iglesia a la comunidad nazarena conquense, siendo ese punto de inflexión iconográfico, al acoger en su seno –capilla a capilla– imágenes tan preciadas y escultóricamente diseñadas como el Jesús Nazareno del Salvador o Jesús de las seis rodeado de pinturas en su bóveda y un retablo cubierto de ese sentimiento aurífero que lo adorna; el soberbio estudio anatómico que ofrece la imagen de San Juan Bautista; la espectacular Dolorosa en esa Soledad de San Agustín, en trono de plata; el San Juan Evangelista y la Verónica, el magnífico Yacente y esa Cruz Desnuda; manteniendo entre la gran nave rectangular de gran dimensión y altura, sin crucero, y su división en cuatro tramos más la cabecera (plana y ligeramente elevada) y ese coro a los pies.

Una bóveda de cañón con lunetos y arcos fajones apoyados en pilastras adosadas al muro y muros lisos, enfoscados con mortero de arena y cal. Siete capillas a ambos lados de la nave, en la que cada imagen puede mirar a la de enfrente para seguir sintiendo el peso de la pasión, la devoción, la tradición y el sentimiento.