La asociación Hispania Nostra ha incluido en su Lista Roja del Patrimonio los depósitos de agua, el muelle de carga y descarga de mercancías y el cargador de ganado de ovino de la estación ferroviaria de Cuenca. Esta organización, que trabaja desde el año 1976 en la defensa, promoción y puesta en valor del patrimonio cultural y natural, considera que el Plan XCuenca no incluye la protección del patrimonio industrial con carácter ferroviario «lo que pone en riesgo de demolición» los mencionados bienes.
En este sentido, destaca que el conjunto se encuentra «prácticamente abandonado, en un avanzado estado de deteriorado visible en el armazón de los depósitos, desgastado y oxidado por la incidencia del sol y las diversas condiciones meteorológicas». En cuanto al muelle, «sus armaduras se hallan en buen estado, sin embargo es necesario retirar el asbesto y limpiar las pintadas de sus muros». El cargador de ganado también «muestra grafitis». En definitiva, «hay una falta de protección e intervención periódica, lo que provoca la degradación de estos bienes que pueden terminar desapareciendo».
El conjunto está formado por dos depósitos de agua elevados, fabricados en hormigón armado según el sistema Monier, introducido en España alrededor 1900. Tienen una capacidad de 200 metros cúbicos y cada uno está construido sobre ocho columnas cuadradas de hormigón, de aproximadamente ocho-diez metros de alto. El muelle es un edificio de unos 80 metros de longitud y diez de ancho, está construido de armaduras metálicas y cubierto a dos aguas, con placas de asbesto. Aproximadamente la mitad está cerrado por muros en los que se abren alternando puertas y ventanas de medio punto. El cargador de ganado es una construcción rectangular de piedra natural que tiene tres niveles diferentes que corresponden con los niveles de los vagones para transportar el ganado. Es una construcción singular.
Los depósitos ferroviarios, en la Lista Roja del PatrimonioHistoria. Estos elementos fueron construidos en los años treinta del siglo XX tras conocer la noticia de que la línea 310 se extendería hasta Utiel-Valencia, la cual se inauguraría en 1947 tras haber sido proyectada en los años ochenta del siglo XIX.
Los depósitos de agua o aguadas se situaban en los depósitos de locomotoras y estaciones estratégicas para suministrar agua a las máquinas de vapor. Se abastecían del agua de la central, generalmente del agua del municipio, aunque siempre se solía dedicar uno de los depósitos a la función de reserva, pues la red de abastecimiento local podía ser insuficiente para proporcionar el caudal de agua necesario. Una vez en la aguada, se proporcionaba la presión necesaria para elevarla, por su propio caudal o por medio de bombas.
El muelle de carga y descarga de mercancías aunque, levantado probablemente con anterioridad (alrededor 1913), fue, con la ampliación de la línea, cerrada una mitad con muros, puertas y ventanas, aspecto que conserva en la actualidad. Una de las mercancías destacada era la madera de la que Cuenca tuvo una gran industria. Construido en las mismas fechas que el resto, el cargador de ganado es casi la única muestra de otra de las más importantes actividades económicas de Cuenca, la industria del ganado ovino.