A lo largo de varios siglos, la huella de san Julián ha quedado marcada en la catedral por la mano de distintos artistas.  Más de treinta obras recrean la figura del Santo, tal y como corresponde al copatrono de la diócesis y cotitular de su templo principal. Se concentran en varias dependencias y capillas, en las que aparece su figura, casi siempre, acompañada de su fiel servidor, Lesmes. En una imagen de piedra, ubicada en el centro del cuerpo superior de la fachada principal, se puede ver al santo obispo bendiciendo a los conquenses.  Ya en el interior, en la primera capilla de la nave de entrada, la dedicada a la Virgen del Pilar, la última habilitada en el templo en el siglo XVIII, de estilo neoclásico, y diseñada por José Martín de la Aldehuela, en un medallón ovalado en escayola, suspendido en los muros laterales, puede reconocerse a Nuestra Señora entregando la palma del martirio a san Julián. 

En la capilla contigua, la de los Apóstoles, del siglo XVI, puede observarse la única representación en Cuenca de san Julián junto a otro santo, san Lorenzo, un lienzo incluido en el cuerpo superior del retablo renacentista, conformado por doce tablas correspondientes a los apóstoles, realizadas por el extraordinario pintor Martín Gómez el Viejo. En la misma capilla, aunque de fecha posterior, primer tercio del siglo XVII, encastrado en el retablo renacentista de la Virgen de la Salud, aparece un pequeño lienzo de san Julián revestido de pontifical, con una cestita suspendida del báculo, atribuido al artista conquense, Andrés de Vargas. En la pared posterior, frente al retablo principal, un lienzo de grandes dimensiones, del pintor conquense Víctor de la Vega, evoca el momento de la entrega de la palma martirial al obispo D. Cruz Laplana y al sacerdote D. Fernando Español martirizados durante la Guerra Civil, detrás, contemplando la escena, aparece la figura de san Julián. 

Continuando el recorrido por la nave de entrada, accedemos a la Capilla del Obispo, en la que reposan los restos de los beatos, D. Cruz Laplana y D. Fernando Español.  Habilitada en el siglo XVI, su construcción pudiera responder a la intención de conmemorar tanto la gracia de la concesión del rezo del oficio propio de san Julián, como su canonización solemne y oficial, en tiempos del obispo D. Juan Fernández Vadillo. (1587-1595). En el frontal puede contemplarse una hermosa escultura tallada en piedra y policromada en la que se representa al Santo arrodillado, recibiendo la palma de la Santísima Virgen, que aparece en un plano superior en medio de una gloria de ángeles, tallados en madera y ricamente policromados. Interesantes bajorrelieves que se sitúan a uno y otro lado de la imagen principal, con escenas de la vida del Santo, atribuidos a Diego de Villadiego, uno de los cuales ilustra estas líneas, donde pude admirarse al santo obispo ofreciendo una limosna, observado por las miradas compasivas de dos personajes, que bien podrían ser el mismo Jesucristo y su madre, María.  

Sin salir de esta nave, pero fijando la vista en las capillas que flanquean el altar mayor, se encuentra la primera dedicada expresamente al santo dentro del recinto catedralicio, la conocida como Capilla Vieja o de la Reliquia, a la que se trasladaron sus restos en 1518. En ella destaca la finísima reja, que representa a san Julián con hábito sacerdotal y mitra, con su inseparable compañero Lesmes, atribuida a Juan de Marquina. En la parte superior se observa un medallón ovalado, policromado con un bajorrelieve, en escayola circunscrito con cuatro cabezas de ángeles, que representa el tránsito de san Julián, guardado bajo una reja, realizada muy probablemente por Alonso Beltrán.  

Sobre el mismo lugar que ocupara antiguamente el sepulcro del santo, y debajo del medallón, queda la inscripción siguiente: «San Julián fue venerado aquí durante 242 años». En la parte inferior central se sitúa un magnífico lienzo de San Julián vestido de blanco, mientras Lesmes le ofrece una cesta, y en cuyo ángulo superior izquierdo aparece como en lejana perspectiva una vista de la ciudad. Aunque se desconoce su autoría, algunos expertos lo atribuyen a Pedro Atanasio Bocanegra. Completa el conjunto, una imagen en piedra del santo revestido de pontifical, con báculo y un libro. 

Junto a esta capilla se halla la conocida como del Arcipreste Barba, la segunda en antigüedad dedicada al santo prelado, en torno a 1560. La portada renacentista está formada por un cuerpo principal y un montante. Tras la reja, atribuida a Hernando de Arenas, hay un retablo también renacentista del 1569, aunque renovado en 1795, que enmarcaba una pintura del Santo, obra de Andrés de Vargas, que actualmente se encuentra en la Capilla del Sagrario. En 2019, al desclavar un lienzo para su restauración, se encontró una tabla con la imagen del santo obispo. Una obra de gran formato que, tras ser restaurada, se exhibe en su acomodo original. El santo aparece en posición sedente, revestido de pontifical, bendiciendo con su mano derecha, mientras que con la izquierda sustenta el báculo. Una huella descubierta en el siglo XXI, que reaviva entre los conquenses la figura de su patrono.